Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát Nhân dân thành phố Đà Nẵng tại phiên xét xử sơ thẩm, từ năm 2009 đến ngày 25/5/2013, trên trang mạng cá nhân, Trương Duy Nhất đã viết, đăng tải nhiều bài viết của mình cùng một số bài viết, bình luận của người khác (11 bài do Trương Duy Nhất viết và 1 bài do người khác viết) đã có 34.186 lượt truy cập và 483 ý kiến phản hồi. 

Các bài viết này có nội dung không đúng sự thật, xuyên tạc đường lối, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước, ảnh hưởng đến uy tín của Đảng, Nhà nước; đưa ra cái nhìn bi quan một chiều gây hoang mang lo lắng, làm ảnh hưởng đến lòng tin của quần chúng nhân dân đối với sự lãnh đạo của Đảng, chính sách pháp luật của Nhà nước. 

Mặc dù đã nhiều lần cơ quan chức năng làm việc yêu cầu Trương Duy Nhất chấm dứt việc viết, đăng tải các bài viết có nội dung không đúng sự thật, xâm phạm đến lợi ích của Nhà nước nhưng đối tượng vẫn bất chấp, tiếp tục vi phạm.

Với những hành vi như trên, tại bản án hình sự sơ thẩm số 03/2014/HSST ngày 4/3/2014, Tòa án Nhân dân thành phố Đà Nẵng xử phạt bị cáo Trương Duy Nhất 2 năm tù về tội "Lợi dụng các quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, công dân." Ngày 6/3/2014, bị cáo Trương Duy Nhất có đơn kháng cáo kêu oan.

Tại phiên tòa phúc thẩm, Hội đồng xét xử xét thấy quyền tự do ngôn luận, tự do báo chí, tự do tín ngưỡng... là những quyền tự do rất quan trọng của công dân được Hiến pháp và pháp luật nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam quy định, tôn trọng và bảo vệ, thể hiện bản chất tốt đẹp của Nhà nước Việt Nam. Nhưng Trương Duy Nhất đã lợi dụng các quyền tự do, dân chủ nêu trên để hoạt động bất hợp pháp, viết bài đả kích các cơ quan nhà nước, các tổ chức, gây ảnh hưởng không tốt đến các cơ quan, tổ chức, cá nhân các vị lãnh đạo; đưa những thông tin không đúng sự thật, gây hoang mang, lo lắng cho quần chúng nhân dân, phá hoại chính sách đại đoàn kết dân tộc, làm cho một số người hiểu sai về các chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước.

Hành vi của bị cáo xâm phạm đến trật tự quản lý hành chính, các lợi ích của Đảng, Nhà nước, của tổ chức và công dân, vi phạm Khoản 2 Điều 258 Bộ Luật Hình sự. 

Tòa sơ thẩm tuyên Trương Duy Nhất phạm tội "Lợi dụng các quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của Nhà nước, quyền, lợi ích hợp pháp của tổ chức, công dân" là đúng người, đúng tội; xử phạt bị cáo 2 năm tù là tương xứng với tính chất, mức độ, hậu quả do bị cáo gây ra, đã xem xét đến các tình tiết giảm nhẹ như bị cáo thừa nhận các bài viết nêu trên là do mình viết, gia đình bị cáo có công với nước, bản thân bị cáo có thành tích trong thời gian công tác tại báo Đại Đoàn Kết. 

Tại phiên tòa phúc thẩm, không có nội dung nào mới cũng như bị cáo không được hưởng thêm tình tiết giảm nhẹ. Do đó, Hội đồng xét xử không chấp nhận kháng cáo của bị cáo, giữ nguyên bản án sơ thẩm.